中国科学院微生物研究所（简称“微生物所”）成立于1958年12月3日，由中国科学院应用真菌研究所和中国科学院北京微生物研究室合并而成。目前已发展成为一个具有雄厚研究基础和广泛影响力的微生物学研究和微生物技术研发机构。

 微生物所坚持“微生物、高科技、大产业”的战略定位，致力于成为微生物领域重要的国家战略科技力量，面向世界科技前沿、人民生命健康和经济社会可持续发展，针对具有战略意义的微生物类群，围绕微生物多样性及资源深度挖掘和病原微生物感染免疫与关键防控技术，开展前瞻性、战略性的基础研究和关键技术研究，努力促进基础理论和关键核心技术突破，带动新兴产业发展，为实现高水平科技自立自强做出重要贡献。